Los humedales son ecosistemas acuáticos que poseen una enorme biodiversidad y son cruciales en la lucha contra el cambio climático. Contribuyen a regular inundaciones, son filtros naturales que depuran el agua de contaminantes, almacenan, reciclan y procesan nutrientes, acumulan el 30% de carbono generado por el planeta y capturan 12 veces más co2 que las selvas. Sin embargo son altamente vulnerables y su pérdida se asocia a procesos de expansión de la población humana y desarrollo inmobiliario, entre otras.

La comuna de Pucón tiene 80 humedales en total, 69 son naturales y 11 artificiales. Esto según el catastro 2019 hecho por la Municipalidad de Pucón.
Están divididos en 4 categorías:
1. Humedales ribereños que incluye a ríos y esteros
2. Humedales lacustres que involucran lagos y lagunas
3. Humedales palustres referidos a pantanos
4. Humedales artificiales referidos a estanques piscícolas

Los humedales ribereños son los con más presencia en el territorio (33), siendo los ríos Pucón o Menetue y Liucura, los más importantes. Los humedales lacustres son 29 aquí los más importantes son los lagos Villarica y Caburgua y en lagunas la Negra, Espejo, Loncofilo y Ancapulli. Los humedales artificiales son 11, ubicados estratégicamente cerca de los ríos Liucura, Carhuello, Turbio y Pucón. Y por último los humedales palustres ubicados principalmente en sectores de Pichares-Huife dentro de áreas protegidas; son 7 en total.

Hay diferentes problemáticas en torno a ellos: existencia de fosas sépticas sin autorización sanitarias, instalación de turbinas y medianas centrales hidroeléctricas, existencia de loteos brujos, drenaje de agua para aprovechamiento agropecuario, centro de acopio de desechos de piscicultura, alteración de humedales lacustres para uso urbano, inexistencia de red de alcantarillado, entre otras.